经济管理学院拥有西南地区最早的“管理科学与工程”一级学科博士学位授权点和博士后流动站，是西南交通大学教育层次最多、最齐全的学院之一。学院现拥有“管理科学与工程”与“工商管理”2个一级学科博士学位授权点和博士后流动站。
管理科学与工程一级学科博士点旨在培养复合型高级管理人才。秉承西南交通大学“竢实扬华、自强不息”校训，围绕人才培养目标，持续优化培养方案、完善课程体系，强化课程思政、创新教学模式，打造教学平台、提升教学队伍、严格教学管理等手段，实现课程教学改革和创新。通过融合学校和aacsb质量保障体系，形成全方位质量保障与督导方案，保证课程教学和人才培养的持续改进。学科聚焦专业培养目标，不断强化智育教育与创新能力培养，提升科研素养。近年来，博士和硕士研究生在nature、informs journal on computing、journal of forecasting、journal of empirical finance、transportation research part e、journal of the operational research society、《系统工程理论与实践》、《中国管理科学》和《管理工程学报》等国内外高质量期刊上发表多篇论文。多位博士研究生同学成果申报成都市科技局项目和获得省部级奖项。学科注重培养具有坚实、宽广的理论基础和系统深入的专门知识，并能结合信息技术解决社会、经济、工程等方面理论和实践问题的复合型人才。在科研竞赛方面，学科研究生多次获得各种竞赛奖励，如数学建模竞赛、全国互联网 大赛等。
工商管理一级学科博士点致力于复合型高级管理人才培养。秉承西南交通大学“竢实扬华、自强不息”校训，围绕人才培养目标，持续优化培养方案、完善课程体系，强化课程思政、创新教学模式，打造教学平台、提升教学队伍、严格教学管理等手段，实现课程教学改革和创新。通过融合学校和aacsb 质量保障体系，形成全方位质量保障与督导方案，保证课程教学和人才培养的持续改进。近年来，工商管理学科下博士和学术型研究生以第一作者（含导师第一，学生第二） 发表sci、ssci和cssci 多篇，主要期刊有tourism management（abs4）、international review of financial analysis（abs3）、energy economics（abs3）、international journal of finance and economics（abs3）、《管理科学学报》、《南开管理评论》、《系统管理学报》等。在读工商管理博士已有多人次申请国家级、部级和校级项目且获得资助。另外还有多人以参与者的身份参与国家级、省级和校级项目。工商管理博士生参加国内外学术会议多次，在国家和省级竞赛中也取得优异的成绩。
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